Entlang der Prozesskette, vom Acker bis zur Ladentheke, werden die Bio-Produkte nach einem von der europäischen Verordnung 834/2007 festgelegten Kontrollsystem unter die Lupe genommen.
Mindestens einmal jährlich werden Wirtschaftsbeteiligte (Produzenten, Verarbeiter, Händler, Importeure) von einer vom Ministerium für Landwirtschaft, Weinbau und ländliche Entwicklung zugelassenen privaten Kontrollstelle kontrolliert. Die derzeit zugelassenen privaten Kontrollstellen sind folgende:
- Kontrollverein Ökologischer Landbau e. V.
- Gesellschaft für Ressourcenschutz GfRS mbH
- Prüfverein Verarbeitung ökologische Landbauprodukte e.V.
- Certisys
- Quality Partner
- TüV Nord Integra
Grundlage ist die Überprüfung der Aufzeichnungen zur Rohwarenbeschaffung, Lagerung und Verwendung von Zutaten, Rezepturen sowie den Verkauf. Zudem werden bei den Kontrollen die Ackerflächen, Tiere, Lagerstätten sowie die Herstellungs- und Verkaufsräume begutachtet.
Betriebsmittel wie Saatgut, Dünger, Futtermittel, Hilfsmittel und Zusatzstoffe werden auch auf ihre Zulässigkeit geprüft.
Bei bestandener Prüfung wird dem Betrieb oder dem Unternehmen eine Bescheinigung ausgestellt.
Diese erlaubt es ihnen, ihre Produkte als „biologisch“ zu kennzeichnen und zu vermarkten.
Falls Beteiligte die Anforderungen nicht erfüllen, kann ihnen, je nach Schwere des Falles, die Bescheinigung entzogen und das Recht aberkannt werden, ihre Erzeugnisse als „biologisch“ zu vermarkten.